Önceki sayfada sözü edilen ve kendi vakıflarınca desteklenen kuruluşlar dışında devletin resmî kurumları içinde bulunan, daha çok padişahın, hanedan mensuplarının ve saray görevlilerinin işleriyle ilgili olan iki idarî kurum daha vardı. Bunlardan biri Hekimbaşılık, diğeri ise Müneccimbaşılık idi.
Hekimbaşı, başta padişah ve ailesi olmak üzere saray halkının sağlığıyla ilgilenen tabiptir. İlmiye sınıfından iyi yetişmiş kimseler arasından seçilen hekimbaşı, aynı zamanda imparatorluğun tabip, eczacı, cerrah, kehhal (göz hekimi) ve sağlıkla ilgili bütün kurumlardan sorumluydu.
15. asrın sonlarına ve 16. asrın başlarına doğru kurulmuş olan diğer bir kurum müneccimbaşılık’tır. İlmiye sınıfından seçilen müneccimbaşılar, hekimbaşılar gibi sarayda görevli olup astronomi ilmiyle, takvim, imsakiye hazırlama, hanedan mensupları ve yüksek rütbeli devlet adamları için zayice (yıldız harirası) çıkarma gibi işlerle meşgul olmuşlardır. [Takvimler 1800 yılına kadar Uluğ Bey Zicine göre hazırlanırdı. Bu tarihten sonra Avrupa kaynaklı Jacques Cassini’nin zicini ve daha sonra da Lalande’ın zicini kullanmışlardır.] Hekimbaşı ve müneccimbaşılar kendi sahalarında yazdıkları eserler yanında diğer ilmiye mensupları gibi dinî ve edebî konularda da çeşitli eserler vermişlerdir.
Müneccimbaşı veya kıdemli yardımcılarından biri sultanların tahta çıkışı, saraydaki düğün ve doğum günleri, kızaktan gemi indirilişi gibi önemli olaylar için, uğurlu gün ve saatlerin tespitini yapardı. Ayrıca, astronomi ile ilgili olayları Güneş ve Ay tutulmalarını (kuyruklu yıldızlar gibi), deprem ve yangın felaketlerini takip eder, elde ettiği bilgileri kendi yorumları ile Saray’a iletirdi. Yukarıda sözü edilen muvakkithanelerin idaresi de müneccimbaşılarının sorumluluğundaydı. III. Murad (1574-1595) zamanında İstanbul’da kurulan meşhur rasathane Müneccimbaşı Takiyüddin el-Rasıd’ın (ö.1585) idaresi altındaydı. Osmanlı İmparatorluğu’nun sonuna kadar otuz yedi ilim adamı müneccimbaşılık görevini üstlenmişti. Bu kurum Cumhuriyetin ilanı ile 1924 yılında lağvedilmiş yerine 1927’de Başmuvakkitlik kurulmuştur.
Medreseler etrafında oluşan ilmi faaliyetler yanında, gerek sağlık ve tıp eğitimini sağlayan daruşşifalar ve Süleymaniye Tıp Medresesi ve gerekse yukarıda kısaca değinilen, muvakkithaneler gibi kurumlar ile müneccimbaşılık ve hekimbaşılık gibi resmi saray teşkilatları çevresinde aktif ve dinamik bir ilim ortamı oluştuğunu söylemek gerekir. Klasik dönemde ortaya konan birçok eser medreseler yanında yine bu kurumlar ortamında hazırlanmıştır.
